Projekt Algorithm Engineering

• Gute Programmierkenntnisse
• Optional: Vorlesung Sequenzanalyse

Die Themen sollen - je nach Umfang - alleine oder in Gruppen mit bis zu drei Studierenden bearbeitet werden. Die Themen stammen aus dem Bereich der Sequenzanalyse. Mögliche Themen sind:

• Runminimierung in einer Multi-String BWT
• Kantenminimierung in DeBruijn - Graphen
• Tunneln einer eXtended BWT

Selbstverständlich können auch eigene Themen vorgeschlagen werden.

Folien der Einführungsveranstaltung

In diesem Projekt sollen verschiedene Aspekte einer Multi-String BWT, wie z.B. Runminimierung oder auch spezielle Formen der kompakten Darstellung untersucht und auf ihre Wirksamkeit getestet werden.

Als Programmiersprache ist C++ vorgesehen.