Seminar Sequenzanalyse

Das Seminar soll wöchentlich stattfinden. Der Termin wird nach Absprache festgelegt. Am Montag, den 20. April findet in O27/531 um 16:15 Uhr eine Vorbesprechung mit Themenvergabe statt.

 

Das Seminar behandelt verschiedene Themen der Sequenzanalyse, etwa

• Algorithmen zur exakten Suche: Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore, Aho-Corasick
• paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
• multiples Alignment
• Suffixbäume und Suffixarrays mit Anwendungen
• Suffixlinks in Suffixbäumen und Suffixarrays, Matching Statistics
• Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
• Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
• Filteralgorithmen zur approximativen Suche

Literatur: 

• Zeitschriftenartikel
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.