Seminar Bioinformatik

Das Seminar soll wöchentlich stattfinden.  

In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

• Biologische Einführung
• paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
• Filteralgorithmen zur approximativen Suche
• Suffixbäume und Suffixarrays mit Anwendungen
• Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffixarrays
• Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
• Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
• Komprimierte Suffixarrays, Wavelet trees
• Neue Algorithmen auf komprimierten Suffixarrays
• RNA-Sekundärstrukturvorhersage
• Suche von RNA-kodierenden Genen in Genomen mit Wavelet trees

Literatur: 

• Zeitschriftenartikel
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.