Hauptseminar Bioinformatik
Ankündigung
Das Seminar wird je nach Teilnehmerzahl entweder als Blockseminar oder wöchentlich abgehalten, Termin nach Absprache. Am Dienstag, den 15. April um 14:15 Uhr findet in O27/531 eine Vorbesprechung statt.
Die Themen werden nach dem "first come - first serve" Prinzip vergeben. Bei Interesse email an Martin Bader, oder einfach mal vorbeischauen (O27/508) - ich gebe gerne nähere Informationen zu den einzelnen Themen.
Inhalt
In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.
- Biologische Einführung
- Multiples Alignment
- BLAST
- Inverses Alignment
- Sorting by Transpositions
- Sorting by Translocations, Inversions, and Block Interchanges
- Der Reversal-Median ist NP-hart
- Phylogenetische Rekonstruktion basierend auf der Inversionsdistanz
- RNA-Sekundärstrukturvorhersage ohne Pseudoknoten
- RNA-Sekundärstrukturvorhersage mit Pseudoknoten
- Enhanced Suffix Arrays
- Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffix Arrays
- Compressed Suffix Arrays
Dozent
Vorlesungszeiten
nach Vereinbarung