Seminar Bioinformatik
Ankündigung
Das Seminar soll wöchentlich stattfinden.
Inhalt
In diesem Seminar sollen ergänzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung für das Seminar, (fast) alle Themen können auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.
- Biologische Einführung
- paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
- Filteralgorithmen zur approximativen Suche
- Suffixbäume und Suffixarrays mit Anwendungen
- Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffixarrays
- Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
- Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
- Komprimierte Suffixarrays, Wavelet trees
- Neue Algorithmen auf komprimierten Suffixarrays
- RNA-Sekundärstrukturvorhersage
- Suche von RNA-kodierenden Genen in Genomen mit Wavelet trees
Literatur:
- Zeitschriftenartikel
- D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
Dozent
Termine
Die Vorbesprechung zur Themenvergabe findet am 20.04.2010 um 16:00 Uhr im Raum O27/531 statt.