Entsprechend der im Jahr 1976 vom Senat der Universität Ulm mit Zustimmung des Ministeriums erlassenen Verwaltungs- und Benutzungsordnung  ist es eine der Aufgaben des Tierforschungszentrums, Mitglieder oder Arbeitsgruppen der Universität Ulm hinsichtlich der Planung und Durchführung ihres tierexperimentellen Forschungsvorhabens zu beraten und bei der Durchführung zu betreuen. Die versuchstierkundliche Beratung und Betreuung wurde vom Gesetzgeber im Pflichtenkatalog des Tierschutzbeauftragten im § 8b des Tierschutzgesetzes (TierSchG) explizit festgeschrieben.

Die Beratung der Antragsteller tierexperimenteller Forschungsvorhaben durch die Tierschutzbeauftragten der Universität Ulm  erfolgt bereits im Stadium der Planung. Sie impliziert gem. § 7 Abs. 2 TierSchG die Notwendigkeit, die Anwendung von Ersatz- und Ergänzungsmethoden anstelle des Tiers zu prüfen. Hierzu kann ggf. die ZEBET   (Zentralstelle zur Erfassung und Bewertung von Ersatz- und Ergänzungsmethoden zum Tierversuch) bezüglich der Verfügbarkeit bzw. Relevanz einer in Frage kommenden Ersatzmethode konsultiert werden. Nach sorgfältiger Abklärung von Möglichkeiten und Grenzen solcher Ansätze beinhaltet die Beratung u.a. auch die Wahl von Tierart, Stamm, Geschlecht, Alter für die jeweils zu beantwortende wissenschaftliche Fragestellung. Ein weiterer Aspekt der Beratung bezieht die Begrenzung der Anzahl der zu verwendenden Tiere sowie der zu erwartenden Belastung auf das unerlässliche Maß ein. Auch methodische Aspekte haben einen hohen Rang. Es ist das Ziel jeder Beratung, unter minimaler Beeinflussung des für die jeweilige Fragestellung geeigneten Versuchstiers ein Maximum an präzisen, validen und reproduzierbaren Ergebnissen zu erhalten. Zu jedem Antrag auf Genehmigung eines Tierversuchsvorhabens nehmen die Tierschutzbeauftragten abschließend Stellung.

Entscheidend für eine kompetente Beratung ist sowohl die allgemeine versuchstierkundliche Kompetenz (z.B. Fachtierarzt für Versuchstierkunde) als auch eine zusätzliche Spezialisierung (z.B. Chirurgie, Mikrobiologie) der Tierschutzbeauftragten, die die Tierärzte des TFZ besitzen.

Die Betreuung des Forschungsvorhabens kann in einen vorangehenden theoretischen und praktischen Teil gegliedert werden. Bereits während der Formulierung des Genehmigungsantrags- bzw. Anzeigeverfahrens achten die Tierschutzbeauftragten darauf, dass der Antragsteller bzw. Anzeigende das Forschungsvorhaben entsprechend der vorangegangenen Planung auf die Notwendigkeit überprüft, die Anzahl der Versuchstiere sowie deren Belastung auf das unerlässliche Maß zu begrenzen und die biometrische Versuchsplanung und den wissenschaftlichen Hintergrund vollständig und sachgerecht darzustellen. Nach Erteilung der Genehmigung achten die Tierschutzbeauftragten gem. § 8b TierSchG darauf, dass die Durchführenden die Vorschriften, Bedingungen und Auflagen im Interesse des Tierschutzes einhalten. Praktisch bedeutet dies, dass sich die Tierschutzbeauftragten regelmäßig von der Befindlichkeit bzw. der experimentellen Belastung der Versuchstiere überzeugen.

Die Verantwortung für das Forschungsprojekt – und damit für die Versuchstiere – tragen ausschließlich der Projektleiter und sein Stellvertreter. Die Tierschutzbeauftragten haben die Funktion einer Kontrollaufsicht von innen. Sie sind aufgrund ihrer fachlichen Spezialisierung und Erfahrung sowie ihrer Anwesenheit vor Ort in der Lage, Belastungssituationen frühzeitig zu erkennen und geeignete Maßnahmen zu ergreifen.