Zugriff auf Software: Linux Pools und Linux Login Server
Softwarepakete werden auf den Linux Pool Computern mittels des Module-Systems bereitgestellt. Um mit dem Module-System zu arbeiten, benötigen Sie auf den Linux Pool Computern ein Terminalprogramm (Kommandozeilenfenster), z.B. xterm oder konsole. Der Remote-Zugriff auf den permanent verfügbaren Login-Server zeus erfolgt mittels des Befehls ssh (unter Linux) bzw. PuTTY (unter Windows):
- Voraussetzung (kiz Unix Account): Um sich auf den Rechnern des kiz einloggen zu können, benötigen Sie einen kiz Unix Account. Sie können mit Hilfe des Accountmanagements prüfen, ob Sie einen solchen Unix Account besitzen (abbonierte Dienste -> Unix-Login). Mit Hilfe des Accountmanagements können Sie auch das Passwort für Ihren Unix-Account setzen. Angestellte müssen den kiz Unix Account explizit beantragt, Studierende erhalten den Account automatisch.
- Auf den Linux-Poolcomputern des kiz können Sie sich mit Ihrem Unix Account vor Ort einloggen. Dann öffnen Sie ein lokales Konsole-Fenster (Terminal-Programm) z.B. über das K-Menü (wenn Sie KDE als Desktop einsetzen). Das K-Menü finden Sie unter openSUSE/KDE indem Sie auf das grüne Chamäleon (in der Regel unten links) klicken. Es öffnet sich darauf hin ein Menü in dem Sie dann "Terminal Programm" oder "Konsole" oder "XTerm" auswählen. Zu finden sind diese Programme im Hauptmenü oder im Menü-Baum unter Software -> Applikationen -> System -> Konsole.
- Auf Ihrem eigenen Linux-Rechner können Sie den Kommandozeilen-Befehl ssh verwenden, um sich auf unserem Login-Rechner remote einzuloggen. Auch hier öffnen Sie zunächst lokal ein Konsole-Fenster und geben dann z.B. ssh -l USERNAME zeus.rz.uni-ulm.de ein. Für grafische Anwendungen (z.B. Visualisierungs- oder GUI-Programme) ist die Aktivierung von X-Forwarding (z.B. ssh -X -l USERNAME zeus.rz.uni-ulm.de) und eine schnelle Netzwerk-Verbindung zum Server notwendig. Wenn das zu langsam ist kann man alternativ die Remote-Desktop Anwendung "VNC" (aus Sicherheitsgründen über ssh getunnelt) nutzen, um mit grafischen Anwendungen zu arbeiten.
- Auf Ihrem eigenen Windows-Computer können Sie mittels PuTTY eine Verbindung zum Login-Server zeus aufbauen. Unter Windows ist X-Forwarding komplizierter und wird daher nicht empfohlen. Für den Remote-Zugriff auf grafische Anwendungen ist vermutlich die Verwendung der Remote-Desktop Anwendung VNC (aus Sicherheitsgründen über PuTTY getunnelt) die bessere Lösung.
Die kiz Linux Pool Computer, der bwUniCluster und die bwForCluster verwenden zur Verwaltung von wissenschaftlicher Software alle das sogenannte "Module"-System.
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Etwa 400 Stichwörter führen Sie direkt zu einer einschlägigen Web-Seite des kiz. Wenn Sie ein Stichwort vermissen, geben Sie uns Nachricht an das Team Public Relations.
Syntax der Module-Befehle (Linux Pool Computer)
Die Module-Befehle stehen auf der Kommandozeile der Linux Pool Computer zur Verfügung. Im Weiteren folgt eine kurze Beschreibung der wichtigsten Befehle.
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Zur Anzeige aller verfügbaren Softwarepakete und Versionen verwenden Sie den Befehl
module avail
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Sie können die angezeigten Softwarepakete auf eine bestimmte Kategorie einschränken:
module avail KATEGORIE
Einige wesentliche Kategorieen sind: compiler, debugger, devel, mpi, numlib, lib, bio, cae, chem, cs, math, phys, vis und misc. Zum Beispiel werden mittels des Befehls module avail vis alle verfügbaren Visualisierungsprogramme und mittels module avail compiler alle verfügbaren Compiler angezeigt. Es befindet sich nicht zwingend in jeder Kategorien auch Software. Wenn Sie nicht wissen, welche Kategorie Sie interessiert, oder wenn Sie alle verfügbaren Kategorien sehen möchten, dann verwenden Sie bitte einfach den Befehl module avail.
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Eine Liste aller Softwarepakete mit jeweils kurzen Beschreibungen erhalten Sie mit
module whatis
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Um ein bestimmtes Softwarepaket zu laden und die Befehle und Umgebungsvariablen der Software auf der Kommandozeile zugänglich zu machen, verwenden Sie den Befehl
module load KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION
Die entsprechenden Softwarenamen und Versionen werden von dem module avail Befehl angezeigt. Zum Beispiel wird der Zugriff auf Version 19.1.2 der Intel-Compilers Suite mittels des Befehls module load compiler/intel/19.1.2 ermöglicht.
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Wenn Sie den load-Befehl ohne Angabe der VERSION ausführen
module load KATEGORIE/SOFTWARENAME
wird die entsprechende Default-Version geladen. Wenn nicht anders angegeben ist die Default-Version die neueste Version der Software. Beispielsweise lädt der Befehl module load compiler/intel die Default-Version der Intel Compiler Suite.
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Manche Module sind von anderen abhängig. Wenn diese Abhängigkeiten nicht erfüllt sind (z.B. wenn die benötigten Module noch nicht geladen sind), wird beim Ladeversuch eine Fehlermeldung mit den fehlenden oder unverträglichen Modulen angezeigt. Sie können dann durch Laden oder Entfernen entsprechender Module die Konflikte lösen. Es gibt einige (neuere) Module, die abhängige Module automatisch nachladen. Zum Beispiel lädt der Befehl module load chem/gaussview automatisch das abhängige Modul module load chem/gaussian .
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Entfernen können Sie den Zugriff auf ein Softwarepaket mittels des unload-Befehls:
module unload KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION
Dies ist auch nützlich, wenn Sie z.B. die Softwareversion wechseln möchten. Dann entfernen Sie die vorherige und laden die neue Version. Beispiel: Sie können mit module unload compiler/intel die aktuell geladene Intel-Compiler-Version entfernen und mit module load compiler/intel/18.0 eine andere Version laden (sofern vorhanden).
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Zusätzliche meist sehr detaillierte Informationen zu einem Softwarepaket und wie dieses verwendet wird erhalten Sie mittels
module help KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION
Neben einer kurzen Beschreibung der Kommandozeilen-Befehlen der Software, z.B. ifort oder icc, enthalten die Hilfeseiten der Module auch Verweise auf weiterführende Dokumentation und Beispieldateien, z.B. Skripte für das Queuing-System. Die Module-Hilfeseite der Version 19.1.2 der Intel-Compiler Suite wird mittels der Befehle module help compiler/intel/19.1.2 angezeigt. Für die Default-Version gilt entsprechend module help compiler/intel.
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Alle durch den Module-load Befehl hervorgerufenen Änderungen der Umgebungsvariablen des Nutzers werden von dem Befehl
module show KATEGORIE/SOFTWARENAME/VERSION
angezeigt; zum Beispiel die Modifikation des Suchpfads (PATH Variable), welcher den direkten Zugriff auf die Befehle der Software ermöglicht.
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Um die Liste aller bereits geladenen Module anzuzeigen, verwenden Sie den Befehl:
module list
Sie können mit diesem Befehl auch kontrollieren, ob Ihre load/unload Befehle erfolgreich waren.
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Weitere Details und Beispiele zu dem Module-System erhalten Sie mit
module help system/modules
Unter Umständen werden abhängig von dem Rechner, auf dem Sie gerade eingeloggt sind, unterschiedliche Softwarepakete angezeigt. Sie können mittels des Befehls module avail die jeweils lokal verfügbaren Module listen.