Kurzbeschreibung
Das Programm VMD ist ein sehr umfangreiches Paket zur Darstellung molekularer Daten. Die Stärke von VMD liegen bei sehr großen Systemen mit tausenden von Atomen und Trajektorien. Darüber hinaus kann VMD auch Isoflächen von Elektronendichten und Orbitalen darstellen. VMD kann die Dateien von mehr als 50 verschiedenen Chemieprogrammen lesen, u.a. AMBER, CHARMM, CPMD, GAMESS, Gaussian Cube, Gromacs, LAMMPS, NAMD, NetCDF, PDB, VASP.
Kommunikations- und Informationszentrum (kiz)
Kontaktieren Sie uns bei Fragen und Problemen zu den Services des kiz:
Sprechzeiten
Montag - Donnerstag
09:00 - 12:00 Uhr
13:00 - 15:30 Uhr
Freitag
09:00 - 12:00 Uhr
Telefon
+49 (0) 731 / 50 - 30000
Telefax
+49 (0) 731 / 50 - 1230000
Rückruf beauftragen
helpdesk(at)uni-ulm.de
Support-Portal (Uni intern)
[mehr]
An den Service-Points können Sie uns persönlich aufsuchen.
Self Service Funktionen des Identitätsmanagementsystems (IDM): Berechtigungen verwalten, Dienste abonnieren, Passwörter ändern etc.
Recherche im Bibliotheksbestand nach Monografien, Lehrbücher, Zeitschriften, Hochschulschriften, E-Books, E-Journals, Nationallizenzen, sowie im Bestand des institutionellen Repositoriums OPARU:
Etwa 400 Stichwörter führen Sie direkt zu einer einschlägigen Web-Seite des kiz. Wenn Sie ein Stichwort vermissen, geben Sie uns Nachricht an das Team Public Relations.
Verfügbarkeit an der Universität Ulm
| Zielsystem/Zielgruppe | Verfügbarkeit |
| bwUniCluster (Karlsruhe) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| bwForCluster JUSTUS (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz CUSS Linux Cluster (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz Linux Pools (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz Windows Pools (Ulm) | Nein |
| Uni-Ulm-weiter Lizenzzugriff | Ja, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Externer Lizenzzugriff | Ja, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Softwarebezug Studierende | Ja, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
| Softwarebezug Mitarbeiter | Ja, Software kann nach Registrierung kostenlos heruntergeladen werden |
Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen
Die VMD Lizenz erlaubt eine kostenlose Nutzung im Rahmen von Forschung und Lehre.
Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug
Nach Registrierung können Sie das Programm kostenlos im Bereich "Download" der VMD Webseite herunterladen. Der Bereich "Downloads" enthällt auch eine Installationsanleitung.
Weiterführende Dokumentation
Der Bereich "VMD Manuals" der VMD Webseite enthält ausführliche Dokumente zu VMD.
Zugriff auf Software
Nach dem Login auf einem Rechner der oben genannten Cluster oder Linux Pools können Sie mittels des Befehls
module load chem/vmd
Zugriff auf die Default-Version des Programms VMD erhalten. Nach dem Laden können Sie mit
vmd
das Programm starten. Wenn Sie via ssh remote auf die Software zugreifen, dann müssen Sie X-Forwarding ("ssh -X") aktivieren (sehr langsam). Deutlich schneller ist jedoch der Zugriff via Remote-Desktop-Anwendung "VNC".
Alle verfügbaren VMD-Versionen werden von dem Befehl
module avail chem/vmd
angezeigt. Eine ausführliche Hilfe erhalten Sie mittels des Befehls
module help chem/vmd
Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie VMD verwenden.
Support
Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.