Das Humboldt-Zentrum hatte einen Wissenschaftliche Beirat, dieser beriet den Vorstand in Fragen der Lehre und Forschung und der Besetzung der Stiftungsprofessur. Dem Wissenschaftlichen Beirat gehörten namhafte Gelehrte aus der gesamten Bundesrepublik an:

• Prof. Dr. Karl-Heinz Lembeck, Universität Würzburg (Vorsitzender)
• Prof. Dr. Kurt Bayertz, Universität Münster
• Prof. Dr. Ralf Becker, Universität Koblenz-Landau
• Prof. Dr. Mechthild Dreyer, Universität Koblenz-Landau
• Prof. Dr. Dietrich von Engelhardt, Universität zu Lübeck 
• Prof. Dr. Robert Jütte, Institut für Geschichte der Medizin der Robert Bosch-Stiftung, Stuttgart
• Prof. Dr. Dr. Kristian Köchy, Universität Kassel
• Prof. Dr. Ernst-W. Orth, Universität Trier
• Prof. Dr. Josef Reiter, Universität Regensburg
• Prof. Dr. Hans-Martin Sass, Universität Bochum
• Prof. Dr. Ulrich Weiß, Universität München
• PD Dr. Jörg-Wilhelm Wernecke, Technische Universität München
• Prof. em. Dr. Günther Bien, Universität Stuttgart
• Prof. Dr. Heiner Hastedt, Universität Rostock
• Prof. Dr. Vittorio Hösle, University of Notre Dame
• Prof. Dr. Odo Marquard (†), Universität  Gießen
• Prof. em. Dr. Friedemann Rex, Universität Tübingen
• Prof. em. Dr. Matthias Schramm (†), Universität Tübingen
• Prof. em. Dr. Wilhelm Vossenkuhl, Universität München
• Prof. Dr. Wolfgang Wieland (†), Universität Göttingen