Viele ursprüngliche Bauerngärten und ihre über viele Generationen kultivierte Pflanzenarten sind in den letzten Jahrzehnten verloren gegangen. Heute sind diese Pflanzen wieder in Mode gekommen. Auch die Wissenschaft nimmt sich des Bauerngartens in botanischer, historischer und soziologischer Sicht wieder an.
Die Anlage des Bauerngartens im Botanischen Garten ist von einem handgefertigten Staketenzaun umgeben. Die Beeteinteilung erfolgt über eine kreuzförmige Wegeführung mit Rondell und entspricht damit den traditionellen Vorstellung eines Bauerngartens. Der Bauerngarten verfolgt auch pädagogische Ziele und ist nach historischen Gesichtspunkten in vier Bereiche gegliedert:

Im ersten Beet wachsen Pflanzen, die bereits von den Germanen kultiviert wurden wie z.B. Linsen, Erbsen, Saubohnen, Pastinaken. Außerdem sind hier Pflanzen zu sehen, die mit den Römern nach Süddeutschland gelangten. Dazu gehören beispielsweise Knoblauch, Grünkohl, Mangold, Zwiebel, Rettich, Sellerie, Salbei, Madonnenlilie und Mutterkraut.

Im zweiten Beet werden Pflanzen des frühen Mittelalters vorgestellt. Die Pflanzen sind in der Landgüterverordnung (Capitulare de villis) Karls des Großen aufgezählt oder in der "Physica" der heiligen Hildegard von Bingen beschrieben. Hierzu gehören Alant, Akelei, Mariendistel, Pfingstrose, Basilikum, Liebstöckel, Bockshornklee, Ysop und Ringelblume.

Im dritten Beet sind Pflanzen des späten Mittelalters gepflanzt. Zu dieser Zeit kamen z.B. Kronen-Lichtnelke, Tulpen, Brennende Liebe, Taglilie und Kaiserkrone aus dem Orient nach Mitteleuropa. Aus dem südlichen Europa stammen dagegen Bartnelke, Stockrose, Heiligenkraut, Löwenmaul, Marienglockenblume, Rittersporn, Süßdolde und Blumenkohl.

Und im vierten Beet sind schließlich neuere Pflanzen aus Amerika, Asien und anderen Ländern zu finden. Unter den bekannten Gemüsearten gehören hierzu Tomate, Kartoffel, Bohne und Erdbeere. Bekannte Zierpflanzen aus neuerer Zeit sind z.B. Dahlie, Phlox, Strohblume, Kapuzinerkresse, Zinnie, Roter Sonnenhut, Glattblattaster und Tränendes Herz.