Algorithmen zur Sequenzanalyse

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Sprach- und Bildsignale werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die Komplexität der zur Problemlösung verwendeten Algorithmen von entscheidender praktischer Bedeutung ist. In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch biologische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung.

Skript zur Vorlesung

Blatt 1

Blatt 2

Blatt 3

Blatt 4

Blatt 5

Blatt 6

Blatt 7

• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
• Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.