Kurzbeschreibung
Das Programm Jmol ist ein sehr umfangreiches Java-Paket zur Darstellung dreidimesionaler molekularer Koordinatendaten. Jmol kann 3D Darstellungen von Atompositionen anzeigen. Darüber hinaus kann Jmol auch Isoflächen von Elektronendichten und Orbitalen darstellen. Jmol kann mehr als 50 verschiedene Chemie-Datenformate lesen, u.a. ABINIT, ACES, ADF, Castep, CIF, CML, GAMESS, Gaussian, Ghemical, Jaguar, MDL molfile, Molpro, NWChem, PDB, VASP, Wien2k, XYZ.
Kommunikations- und Informationszentrum (kiz)
Kontaktieren Sie uns bei Fragen und Problemen zu den Services des kiz:
Sprechzeiten
Montag - Donnerstag
09:00 - 12:00 Uhr
13:00 - 15:30 Uhr
Freitag
09:00 - 12:00 Uhr
Telefon
+49 (0) 731 / 50 - 30000
Telefax
+49 (0) 731 / 50 - 1230000
Rückruf beauftragen
helpdesk(at)uni-ulm.de
Support-Portal (Uni intern)
[mehr]
An den Service-Points können Sie uns persönlich aufsuchen.
Self Service Funktionen des Identitätsmanagementsystems (IDM): Berechtigungen verwalten, Dienste abonnieren, Passwörter ändern etc.
Recherche im Bibliotheksbestand nach Monografien, Lehrbücher, Zeitschriften, Hochschulschriften, E-Books, E-Journals, Nationallizenzen, sowie im Bestand des institutionellen Repositoriums OPARU:
Etwa 400 Stichwörter führen Sie direkt zu einer einschlägigen Web-Seite des kiz. Wenn Sie ein Stichwort vermissen, geben Sie uns Nachricht an das Team Public Relations.
Verfügbarkeit an der Universität Ulm
| Zielsystem/Zielgruppe | Verfügbarkeit |
| bwUniCluster (Karlsruhe) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| bwForCluster JUSTUS (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz CUSS Linux Cluster (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz Linux Pools (Ulm) | Ja, nach dem Laden des entsprechenden Softwaremoduls |
| kiz Windows Pools (Ulm) | Nein |
| Uni-Ulm-weiter Lizenzzugriff | Ja, freie Software (LGPL) |
| Externer Lizenzzugriff | Ja, freie Software (LGPL) |
| Softwarebezug Studierende | Ja, freie Software (LGPL) |
| Softwarebezug Mitarbeiter | Ja, freie Software (LGPL) |
Nutzungsbedingungen und Lizenzvereinbarungen
Jmol ist unter der LGPL (GNU Lesser General Public License) lizensiert und kann daher von jedem kostenlos verwendet werden.
Weiterführende Dokumentation
Der Bereich "Documentation" der Jmol Webseite enthält ausführliche Dokumente zu Jmol.
Uniweiter Lizenzzugriff und Softwarebezug
Sie können das Programm kostenlos im Bereich "Download" der Jmol Webseite herunterladen. Der Download Bereich enthält auch eine Installationsanleitung.
Zugriff auf Software
Nach dem Login auf einem der oben genannten Cluster oder Pools können Sie mittels des Befehls
module load chem/jmol
Zugriff auf die Default-Version des Programms Jmol erhalten. Nach dem Laden des Moduls können Sie mit dem Befehl
jmol
das Programm starten. Wenn Sie sich remote per ssh eingeloggt haben, muss X-Forwarding aktiviert sein. Allerdings ist die Remote-Visualisierung via X-Forwarding sehr langsam. Flüssiger ist die Darstellung in einer Remote-Desktop-Anwendung, wie etwa VNC.
Bitte lesen Sie den Modul-Hilfetext bevor Sie Jmol verwenden. Diesen Hilfetext erhalten Sie mittels des Befehls
module help chem/jmol
Alle verfügbaren Jmol-Versionen werden von dem Befehl
module avail chem/jmol
angezeigt.
Support
Bitte wenden Sie sich an unseren Softwaresupport, wenn Sie weitergehende Hilfe benötigen.