Algorithmen der Bioinformatik
Inhalt
Der rapide anwachsende Umfang an Daten in der Molekularbiologie stellt eine beträchtliche Herausforderung für die Informatik dar. Es gilt umfangreiche und unstrukturierte Daten zu analysieren und aus ihnen biologisches Wissen abzuleiten. Im Vordergrund der Vorlesung stehen die Entwicklung von (formalen) Modellen und effizienten Algorithmen.
Die Themen sind:
- Phylogenetische Rekonstruktion
- Genome Rearrangements
- RNA Sekundärstrukturvorhersage
- Hidden Markov Models (HMMs)
- Genvorhersage
Literatur
- P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, MIT Press, 1998.
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 1998.
- D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
- T. Lengauer (Ed.), Bioinformatics-From Genomes to Drugs, Wiley-VCH, 2002.
- D. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
- P.A. Pevzner, Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
- J. Setubal, J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
- M.J.E. Sternberg (Ed.), Protein Structure Prediction: A Practical Approach, Oxford University Press, 1996.
- M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman Hall, 1995.
Dozent
Vorlesungszeiten
Donnerstag 10:00 - 12:00
Freitag 10:00 - 12:00
Übungsleiter
Übungszeiten
Die Übung findet donnerstags im Wechsel mit der Vorlesung statt.